Заключенный Ноль поселился в доме Амелии сразу после появления разлома, задолго до прибытия Доктора, а потому:

а) Доктор всматривался, пытаясь найти укрытие Заключенного, преодолеть психический барьер;
б) Заключенный Ноль пробегал мимо в форме юной Амелии (на видео отчетливо виден именно детский силуэт), контакт с которой за многие месяцы был успешно установлен уже тогда.

Как сказал Моффат, прелесть монстров Тишины в том, что они могли присутствовать практически в любом эпизоде любого сезона любой эпохи «Доктора Кто», просто Доктор их не запомнил. Но это не значит, что сценаристы задумали Тишину до шестого сезона. Сами монстры появились лишь в 2011 году - и точка.

они могли присутствовать практически в любом эпизоде любого сезона любой эпохи «Доктора Кто», просто Доктор их не запомнил

А мне эта идея вообще никак не нравится. Доктор почти все время повторяет, какие люди удивительные и замечательные, а тут оказывается, что Тишина была всегда и везде и как-то там влияла. Вопрос тогда - кто именно удивительный и замечательный? Тишина?

print, а как насчет того, что Эми заснула в ожидании Доктора?
NS, возможно, самая суть в том, что Тишина хоть и соседствовала с человечеством на протяжении неопределенно долгого времени, все же не была связана с ним изначально. То есть ситуация выглядит так, будто некое вмешательство во время вызвало её появление в прошлом и будущем. И, скорее всего, организацию-таки выпилят в шестом сезоне радикально, приведя историю к относительному соответствию. По крайней мере, мне хочется в это верить, так как история человечества под управлением заговорщиков действительно вступает в противоречие с тем, что говорит и делает Доктор в отношении человечества.

У Моффата все завязано, например причину почему он так сурово расправился с Тихими, можно понять из не моргай.